涡轮分子泵一般与离子泵、升华泵或低温冷凝泵组合使用，用以排除泵不易排除的氢、氦和其他惰性气体，避免造成不必要的浪费，不会单独在小流量大抽速的情况下使用涡轮分子泵。
1.涡轮分子泵的运用性能与前级泵的关系
当气体分子在涡轮叶片间的平均自由程减小到叶片间距的十分之一时，分子间的碰撞过多，使气体的传输受到影响。一般来说，高真空入口端的涡轮叶片由于工作在较低的压强，不会遇到这种情况，但是靠近出口端的叶片就经常处于这种过渡流的范围内。为了改善涡轮分子泵的运用，出口端须配置一个工作压强能到达10-4托抽速较大的前级泵。
2.防止涡轮分子泵返油
为防止涡轮分子泵本身以及前级泵的油蒸气进入涡轮分子泵的高真空端。
开机前先用前级泵抽至2托，然后再启动涡轮分子泵。停机时，从它的入口端漏入空气达到5托的压强，待涡轮分子泵停止转动后再关闭它的出口阀门和机械泵，同时令涡轮分子泵内的压强上升至大气压以减少轴承滑润油的反扩散。或者是涡轮分子泵与前级泵同时停机，关闭它们中间的阀门，待涡轮分子泵停止转动后，从高真空端(或从泵的中部)漏入空气至大气压。
在涡轮分子泵运行中，不要在关闭它的出口阀的情况下漏入气体使泵内压强突然上升至10托以上。否则气体将被压至出口端，因没有出路而反射，一部分进入轴承滑润部分把油卷出带到泵内并进入高真空端造成严重返油。
在涡轮分子泵与前级泵之间可串入一只挡油阱以防止机械泵油蒸气的返流。
立式涡轮分子泵的真空系统的结构简单，在改装旧有扩散泵系统时可直接替代扩散泵而无须改动真空系统结构的特点；其次是泵内只有一组涡轮叶片，因而价格较低廉。
3.立式涡轮分子泵的缺点：
(1)泵口垂直向上，各种杂物颗粒容易落入泵体内造成损坏，因不能确定保护网眼能够小到何种微小颗粒都不能通过，所以在泵口加保护网仍不能完全幸免。
(2)当泵内压强突然上升至大气压强时，轴向会经受很大的冲力。
(3)在一般的立式泵中，转子的质心并不处于两个轴承的中间，而是靠近一个轴承甚或跑到两个轴承之外，轴承、支撑和整个转子的平衡条件稍稍改变，就容易产生振动。这种情形容易产生不稳定。
(4)中心轴承的替换很困难，为此必须取出整个转子并拆开，同时替换的轴承不一定能够与转子的自然旋转中心相吻合，这样就产生了不平衡。
卧式泵能克服立式分子泵的基本缺点。但卧式泵有两组涡轮叶片，体积大，外壳形状复杂，因而造价也较高。
4.涡轮分子泵的烘烤去气
由于涡轮分子泵的转子是铝合金制的，只能承受140℃的温度，其中的滑润油不到80℃时就开始分解，因此规定涡轮分子泵的烘烤温度不得超过120℃。在外壳和定子的温度达到120℃时，转子被流动的滑润剂冷却，实际的温升较小。若要继续升高转子的烘烤温度，可停止冷剂的流动或使用其他方法加热，但是要密切监视转子的温度。
